Fitogeograficamente, a Alemanha é partilhada entre as províncias do Atlântico Europeu e Centro Europeu da Região Circumboreal dentro do Reino boreal. O território da Alemanha pode ser subdividido em quatro Biorregiões: os remanescentes florestais do Atlântico, as florestas mistas Báltico, florestas mistas da Europa Central e as florestas de angiospermas da Europa Ocidental. A maior parte da Alemanha é coberta por terras aráveis (33%) ou florestas e bosques (31%). Apenas 15% do território é coberto por pastagens permanentes.
Plantas e animais são aqueles geralmente comuns para a Europa central. Faias, carvalhos e outras árvores de folha caduca constituem um terço das florestas; coníferas estão aumentando como resultado do reflorestamento. Abetos e pinheiros predominam nas montanhas superiores, enquanto o pínus e larix são encontrados em solo arenoso. Há muitas espécies de samambaias, flores, fungos e musgos. Abundam peixes nos rios e no mar do Norte. Os animais selvagens incluem javalis, veados selvagens, muflão, a raposa, o texugo, a lebre, e um pequeno número de castores. Várias aves migratórias cruzam a Alemanha na Primavera e no Outono.
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